Von dort wurde er an die österreichische Botschaft nach Budapest berufen, wo er sechs Jahre das Amt des dortigen Kulturattachés bekleidete und gleichzeitig für die Wissenschaftskooperation zwischen den beiden Ländern verantwortlich war.
Nach seiner Rückkehr nach Österreich und nach Beendigung seines MBA-Studiums mit Schwerpunkt Gesundheitsmanagement war Christian Oberwagner zunächst im Ausbildungsbereich für Gesundheitsberufe engagiert, ehe er 2010 ein eigenes Unternehmen im Bereich Unternehmensberatung mit Schwerpunkt Bildung gründete, das er bis heute neben seiner Tätigkeit an der KMU Akademie & Management AG, für die er seit 2013 im Bildungsmanagement tätig sein darf, führt.
Im Moment arbeitet Christian Oberwagner an seiner Dissertation, die sich mit den Qualitätsstandards von Ausbildungsinstituten beschäftigt und dabei der Frage nachgeht, wie „brauchbar“ die bestehenden Normen und Zertifizierungen in deren Anwendung sind.
Als Dozent für das Modul „Wissenschaftliches Arbeiten“, das er im Rahmen der Bachelor- und Masterstudiengänge der KMU Akademie und Management AG abhält, verfolgt Christian Oberwagner das Ziel, die Studierenden vom Beginn ihres Studiums bis hin zum Abschluss im Rahmen ihrer Masterthesis wissenschaftlich zu begleiten und die notwendigen Hilfestellungen zu geben.